ต่อผลลัพธ์ขั้นสุดท้าย ห้องปฏิบัติการแห่งหนึ่งที่ศึกษาไมโครไบโอมในช่องคลอดใช้ชุดเครื่องมือพิเศษที่เรียกว่าไพรเมอร์ PCR เพื่อทำสำเนาดีเอ็นเอ ห้องปฏิบัติการนั้นนับจำนวนจุลินทรีย์ที่หลากหลายแตกต่างจากห้องปฏิบัติการที่เหลือ วิธีการสกัดดีเอ็นเอก็มีความสำคัญเช่นเดียวกันกับเทคนิคการวิเคราะห์
นั่นเป็นข่าวที่น่าเบื่อ Huttenhower กล่าว จริงอยู่ ตัวแปรดังกล่าวเป็นสาเหตุของข้อผิดพลาดที่อาจทำให้นักวิจัยตรวจพบรูปแบบที่ไม่ได้เกิดจากชีววิทยาพื้นฐาน แต่เขากล่าวว่าผลลัพธ์ที่น่าตื่นเต้นก็คือ แม้จะมีความแตกต่างทางเทคนิค นักวิจัยก็ยังสามารถแยกตัวอย่างผู้ป่วยจากคนที่มีสุขภาพดีได้อย่างน่าเชื่อถือ ผลที่ได้ทำให้เขามีความหวังว่าเส้นเลือดของข้อมูลที่มีความหมายทางชีวภาพจะไหลผ่านภูเขาข้อมูล
อย่างไรก็ตาม บางครั้งภัยคุกคามที่ซ่อนอยู่ก็ส่งเสียงดัง
มากจนกลบข้อความทางชีววิทยาที่แท้จริง การปนเปื้อนเป็นหนึ่งในภัยคุกคามดังกล่าว Susannah Salter จาก Wellcome Trust Sanger Institute ใน Hinxton ประเทศอังกฤษและเพื่อนร่วมงานค้นพบ นักวิจัย รายงานเมื่อเดือนพฤศจิกายนปีที่แล้วในBMC Biologyชุดน้ำปลอดเชื้อและรีเอเจนต์ที่นักวิทยาศาสตร์ใช้ในการดึง DNA จากตัวอย่างจุลินทรีย์อาจมี DNA ของแบคทีเรียจำนวนมากอยู่แล้ว DNA ที่ปนเปื้อนอาจครอบงำตัวอย่างและทำให้ผลลัพธ์หายไป
Salter และเพื่อนร่วมงานของเธอได้บรรยายถึงตัวอย่างดังกล่าว: การศึกษาว่าไมโครไบโอมของเด็กๆ พัฒนาขึ้นได้อย่างไร ซึ่งเกิดขึ้นในค่ายผู้ลี้ภัยที่ชายแดนระหว่างไทยกับเมียนมาร์ ทารกกลุ่มหนึ่งที่เกิดในปี 2550 และ 2551 ได้รับการเช็ดจมูกและลำคอทุกเดือนจนกระทั่งอายุ 2 ขวบ
ในตอนแรกดูเหมือนว่าแบคทีเรียในดินเช่นAchromobacterและHerbaspirillumเป็นกลุ่มแรกที่เติบโตในจมูกและปากของทารก แต่การค้นพบนี้ทำให้ซอลเตอร์สงสัย “สิ่งที่เราเห็นไม่ใช่แมลงปกติของมนุษย์” เธอกล่าว
เนื่องจากเพื่อนร่วมงานชาวไทยของเธอเก็บบันทึกอย่างพิถีพิถัน Salter
จึงสามารถระบุได้ว่าแบคทีเรียในดินไม่ได้เติบโตในจมูกของทารก ในทางกลับกัน ดีเอ็นเอจากแบคทีเรียในดินได้ปนเปื้อนชุดอุปกรณ์สองชุดที่ใช้ในการประมวลผลตัวอย่าง โดยปิดบังสิ่งมีชีวิตที่มีอยู่จริงทั้งหมด
การปนเปื้อนไม่ได้จบลงด้วยน้ำยาในห้องปฏิบัติการ สามารถประดิษฐานในรูปแบบดิจิทัลในฐานข้อมูลขนาดใหญ่ Steven Salzberg จาก Johns Hopkins University และเพื่อนร่วมงานรายงานในเดือนพฤศจิกายนที่PeerJ นักวิจัยพบว่าจีโนมของNeisseria gonorrhoeaeซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตที่ทำให้เกิดโรคหนองในในคน มีการปนเปื้อนด้วย DNA ที่ทอดยาวซึ่งจริงๆ แล้วมาจากวัวและแกะ จีโนมอื่น ๆ อีกสี่ตัวที่นักวิจัยสุ่มเลือกจากฐานข้อมูลสาธารณะ GenBank ยังมีลำดับจากสปีชีส์อื่น ๆ ซึ่งบ่งชี้ว่าบันทึกจีโนมอีกหลายรายการอาจเสียไปด้วย
นักวิจัยกล่าวว่าความท้าทายประเภทนี้จะเกิดขึ้นเมื่อทำงานกับข้อมูลขนาดใหญ่
Huttenhower กล่าวว่า “อะไรก็ตามที่ให้ข้อมูลที่ละเอียดอ่อนมากก็ให้ความจริงและเสียงรบกวนมากมาย นักวิทยาศาสตร์จำเป็นต้องรู้และอธิบายเกี่ยวกับผู้สร้างเสียงในการศึกษาของพวกเขา ฮัทเทนฮาวร์ชอบบอกผู้คนถึงสิ่งที่ควรระวังมากกว่าที่จะกำหนด การบังคับให้นักวิทยาศาสตร์ปฏิบัติตามโปรโตคอลเดียวจะเป็นความผิดพลาด เขากล่าว
credit : webseconomicas.net yukveesyatasinir.com disabilitylisteningtour.com hollandtalkies.com somersetacademypompano.com kleinerhase.com lagauledechoisyleroi.net halkmutfagi.com alriksyweather.net jimwilkenministries.org
